Theo sau những cuộc nổi dậy ở miền Nam và miền Bắc, các vùng cấm bay đã được thiết lập để bảo vệ người Shi'ite ở miền Nam và người Kurd ở miền Bắc. Những vùng cấm bay này (bắt đầu từ vĩ tuyến 36 Bắc và vĩ tuyến 32 Nam) chủ yếu do Mỹ và Anh kiểm soát, mặc dù Pháp cũng có tham gia ít nhiều. Cấu kết với nhau, họ đã thực hiện những chuyến bay thanh sát trong vòng 11 năm sau khi kết thúc chiến sự còn nhiều hơn cả trong thời kỳ chiến tranh. Những chuyến thanh sát này đã dội bom gần như mỗi ngày vào tên lửa đất đối không và súng cao xạ được dùng để bắn hạ máy bay. Tuy nhiên, lượng bom lớn nhất đã được sử dụng trong hai chiến dịch kéo dài: Chiến dịch Tấn công sa mạc, kéo dài trong nhiều tuần từ tháng 9 năm 1996, và Chiến dịch Con cáo sa mạc, tháng 12 năm 1998. Chiến dịch Kiểm soát miền Bắc, vùng cấm bay trong khu vực người Kurd, đã cho phép người dân tập trung vào tăng cường an ninh và phát triển cơ sở hạ tầng, điều này đã được phản ánh sau sự sụp đổ của chế độ Saddam Hussein năm 2003, khu vực này đã phát triển và ổn định hơn (khi so sánh với các vùng khác của Iraq trong Chiến dịch Giải phóng Iraq). Trái lại, Chiến dịch Kiểm soát miền Nam, đã không thành công trong việc tạo cho người Shi'ite cơ hội xây dựng và kiến thiết như vậy.

Cơ sở hạ tầng bị tàn phá nặng nề trên diện rộng trong suốt thời kỳ chiến sự đã gây mất mát cho người dân Iraq. Nhiều năm sau chiến tranh lượng điện sản xuất ra vẫn chỉ đạt một phần tư mức trước cuộc chiến. Việc phá hủy các nhà máy xử lý nước khiến nước thải bị đổ trực tiếp xuống sông Tigris, và dân cư lại lấy nước ở đây để sinh hoạt dẫn tới sự phát sinh dịch bệnh trên diện rộng. Những khoản vốn tài trợ từ phía các nước phương Tây nhằm giải quyết vấn đề này bị chính quyền Saddam sử dụng để duy trì quyền kiểm soát quân sự của mình.

Trừng phạt kinh tế vẫn được duy trì nhiều năm sau chiến tranh vì lý do từ những cuộc thanh sát vũ khí mà Iraq chưa bao giờ hợp tác đầy đủ. Sau này Iraq được Liên Hiệp Quốc cho phép nhập khẩu một số hàng hóa theo chương trình Đổi dầu lấy lương thực. A 1998 bản báo cáo của UNICEF cho thấy những biện pháp trừng phạt khiến con số tử vong ở nước này tăng thêm 90.000 người mỗi năm. Nhiều người cho rằng các biện pháp trừng phạt Iraq và sự hiện diện quân sự của Mỹ ở Ả Rập Xê Út góp phần làm xấu đi hình ảnh của Mỹ trong thế giới Ả Rập.

Một Cao ủy Đặc Biệt Liên Hiệp Quốc (UNSCOM) về vũ khí đã được lập ra để giám sát việc tuân thủ của Iraq với các quy định về vũ khí hủy diệt hàng loạt và tên lửa đạn đạo. Iraq chỉ chấp nhận một số yêu cầu và từ chối các cuộc thanh sát vũ khí khác. Đội thanh tra đã tìm ra một số bằng chứng về các chương trình vũ khí sinh học tại một địa điểm và một số vi phạm tại nhiều địa điểm khác.

Năm 1997, Iraq trục xuất toàn bộ các thành viên người Mỹ bên trong phái đoàn thanh sát vũ khí, cáo buộc rằng Hoa Kỳ đã lợi dụng họ làm gián điệp; các thành viên của UNSCOM thường có những cuộc tiếp xúc với các cơ quan tình báo để cung cấp các thông tin về các địa điểm tàng trữ vũ khí. Đội thanh sát vũ khí tiếp tục quay lại Iraq trong giai đoạn 1997 và 1999 và còn gặp nhiều rắc rối hơn nữa; một thành viên trong đội thanh sát, Scott Ritter thuộc Hải quân Hoa Kỳ đã từ chức năm 1998, cho rằng chính quyền Clinton đang cản trở các cuộc thanh sát vì họ không muốn đối đầu thực sự với Iraq. Năm 1999, đội thanh sát được thay thế bởi UNMOVIC, cơ quan này bắt đầu tiến hành công việc từ năm 2002. Năm 2002, Iraq - và đặc biệt là Saddam Hussein - trở thành mục tiêu trong Cuộc chiến chống khủng bố của Hoa Kỳ, dẫn tới cuộc xâm lược Iraq năm 2003, do Hoa Kỳ và, ở tầm vóc thấp hơn, Anh lãnh đạo.

Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa (quân đội nước này có nhiều mặt tương đồng với quân đội Iraq) rất ngạc nhiên trước khả năng kỹ thuật Hoa Kỳ trên trận địa. Thắng lợi mau chóng của liên quân khiến quân đội Trung Quốc phải thay đổi toàn diện tư tưởng quân sự của mình và bắt đầu một phong trào hiện đại hóa bên trong Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc.

Một hậu quả chủ chốt của Chiến tranh Vùng Vịnh, theo Gilles Kepel, là sự hồi sinh rõ rệt của chủ nghĩa Hồi giáo cực đoan. Việc chế độ Saddam bị lật đổ không khiến các nhóm Hồi giáo ủng hộ nhiều. Tuy nhiên, việc này, cùng với liên minh giữa Ả Rập Xê Út và Hoa Kỳ, bị coi là cùng phía với Israel càng làm chính phủ Ả Rập Xê Út mất uy tín trong nước. Hoạt động của các nhóm Hồi giáo chống lại chính quyền Ả Rập Xê Út tăng lên dữ dội. Trong một nỗ lực nhằm lấy lại hình ảnh của mình, Ả Rập Xê Út đã chi thêm tiền cho những nhóm ủng hộ chính phủ. Chính phủ Ả Rập Xê Út đã chi tiền phát hàng triệu cuốn Qur'an cho dân các nước mới độc lập ở vùng Trung Á và xây dựng hàng trăm thánh đường Hồi giáo cho những nhóm cực đoan. Tại Afghanistan chính quyền Ả Rập Xê Út trở thành người bảo trợ hàng đầu cho Taliban trong cuộc nội chiến ở nước này, và là một trong những quốc gia duy nhất chính thức công nhận chính phủ đó.

Hội chứng Vùng Vịnh

Nhiều binh sĩ liên quân quay trở về từ chiến trường thông báo về các loại bệnh gặp phải sau khi tham chiến, một hiện tượng được gọi là Hội chứng Vùng Vịnh. Có nhiều nghiên cứu và bất đồng về các nguyên nhân gây ra hội chứng đó cũng như những ảnh hưởng của nó đối với trẻ sơ sinh (số lượng trẻ sinh ra trong các gia đình binh lính với các khiếm khuyết tương tự nhau hay những bệnh tật nghiêm trọng lên tới 67%, theo một cuộc nghiên cứu do Sở Cựu chiến binh Hoa Kỳ tiến hành). Một báo cáo xuất bản năm 1994 của Văn phòng Giải trình Chính phủ cho rằng quân đội Mỹ đã đối diện với 21 loại "chất độc liên quan tới sinh sản" tiềm tàng. Một số nguyên nhân bị chỉ ra là tiếp xúc với các vật liệu phóng xạ, khói dầu, và các loại vắc xin bệnh than sản xuất quá nhanh dùng cho binh sĩ (các loại vắc xin thường cần phải trải qua quá trình sản xuất vài tháng).

Hậu quả của chất urani đối với sức khoẻ

Năm 1998, các bác sĩ của chính phủ Iraq đã báo cáo rằng việc liên quân sử dụng urani nghèo đã gây ra hàng loạt vụ khuyết tật ở trẻ sơ sinh và ung thư trong dân chúng Iraq, đặc biệt là bệnh bạch cầu. Các bác sĩ của chính phủ cho rằng họ không có đủ bằng chứng cho thấy có mối quan hệ giữa urani nghèo với những vụ khuyết tận trẻ sơ sinh bởi vì những biện pháp trừng phạt đã khiến họ không thể có được các thiết bị thử nghiệm cần thiết. Vì thế, một đội bác sĩ của Tổ chức sức khỏe thế giới đã tới Basra và đề xuất một cuộc nghiên cứu để điều tra lý do gây ra tỷ lệ ung thư cao ở miền nam Iraq, nhưng Saddam đã từ chối.

Tuy nhiên, Tổ chức sức khỏe thế giới đã có thể tiếp cận với những nguy cơ đối với sức khỏe của urani nghèo tại những địa điểm đã xảy ra chiến tranh nhờ một phái đoàn năm 2001 tới Kosovo. Một báo cáo năm 2001 của WHO về urani nghèo đã kết luận: "bởi vì urani nghèo chỉ là phóng xạ yếu, cần phải hít vào những khối lượng rất lớn bụi (ở mức độ gam) để có thể tăng nguy cơ ung thư phổi ở mức độ có thể nhận thấy trong một nhóm nguy cơ. Những nguy cơ về ung thư phóng xạ khác gồm bệnh bạch cầu, được coi là thấp hơn rất nhiều so với ung thư phổi." Hơn nữa, "không có những tác động liên tục hay tiến triển đã được báo cáo ở người" vì lý do chịu tác động của urani nghèo.

Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ cũng đã xuất bản một cuốn sách về urani nghèo. Nó tuyên bố: "Tổ chức sức khỏe thế giới và các nghiên cứu khoa học khác đã cho thấy urani nghèo không gây ra những nguy cơ nghiêm trọng đối với sức khoẻ" và "urani nghèo không gây ra khuyết tật ở trẻ sơ sinh. Quân đội Iraq sử dụng các vũ khí hóa học và thần kinh trong thập kỷ 1980 và 1990 có thể là nguyên nhân gây ra cái gọi là khuyết tật ở trẻ em Iraq." Về những buộc tội gây ra ung thư, cuốn sách của Hoa Kỳ cho rằng "theo những chuyên gia về sức khỏe môi trường, về mặt y tế không thể coi việc nhiễm bệnh bạch cầu như là kết quả của việc chịu tác động của urani hay urani nghèo", và "tỷ lệ ung thư trong số 19.000 công nhân công nghiệp tiếp xúc với urani nghèo ở mức độ cao tại các dự án ở Phòng thí nghiệm quốc gia Oak Ridge trong giai đoạn 1943 và 1947 đã được xem xét, và việc tăng tỷ lệ ung thư không hề được quan sát thấy cho tới tận năm 1974. Các nghiên cứu dịch tễ học khác về ung thư phổi tại các công nhân làm việc tại nhà máy urani và nhà máy gia công thép không cho thấy tỷ lệ tăng bất thường hay sự liên quan tới những chất sinh ung thư khác đã được biết ngoài urani, như radon."

Tuy nhiên, một số lời buộc tội về tác động đó rất nghiêm trọng bởi vì vũ khí chứa urani nghèo có thể vỡ ra thành những hạt nhỏ khi nó chạm mục tiêu. Trên thực tế, những nghiên cứu tổng quát nhất gần đây bởi The Royal Society, một nhóm ái hữu với hơn 1400 nhà khoa học, nhà nghiên cứu và giáo sư đã tìm thấy rằng urani nghèo đưa lại những nguy cơ cao về sức khỏe cho dân thường cũng như binh lính.